Ainz Ooal Gown, penyihir mayat hidup yang sebelumnya dikenal sebagai Momonga, telah menerima posisinya di dunia baru ini. Meskipun memiliki kemiripan dengan game realitas virtual kesayangannya, Yggdrasil, game ini masih menyimpan banyak misteri yang ingin ia ungkap, dengan memanfaatkan kekuatannya sebagai penguasa Makam Agung Nazarick. Namun, sejak pencucian otak salah satu bawahannya yang membawa malapetaka, Ainz menjadi waspada akan bahaya yang akan datang dari Teokrasi Slane, serta kemungkinan keberadaan mantan pemain Yggdrasil lainnya. Sementara itu, Albedo, Demiurge, dan para pengawal setia Ainz lainnya bersiap untuk mempersiapkan langkah selanjutnya dalam kampanye mereka: Perang pertama Nazarick.
Overlord II langsung mengambil cerita setelah prekuelnya, melanjutkan kisah Ainz Ooal Gown, pasukan eklektiknya yang terdiri dari para penjaga yang membenci manusia, dan banyak manusia malang yang terkena dampak kedatangan Overlord.
