Sahabat karib Yuu, Haru, dan Kotona menikmati kehidupan sekolah menengah yang tenang bersama. Namun, suatu hari, seorang pria mencurigakan mengejar dan menusuk Kotona—bencana yang gagal dicegah Yuu dan Haru. Saat tergesa-gesa membawa gadis itu ke rumah sakit, kedua anak laki-laki itu hampir tertabrak truk tetapi secara ajaib tetap tidak terluka. Sebaliknya, mereka menemukan diri mereka di kerajaan seperti dongeng dengan keragaman orang yang eksotis dan makhluk-makhluk yang luar biasa.
Yang mengejutkan mereka, anak laki-laki itu menemukan bahwa Yuu, yang telah terkurung di kursi roda sejak kecil, sekarang dapat berjalan! Namun, mereka tidak punya waktu untuk merenungkan situasi yang membingungkan itu, karena teman mereka telah pergi. Berangkat untuk mencari Kotona, Yuu dan Haru berhenti di sebuah pub lokal untuk menanyakan tentangnya. Tetapi setelah memeriksa gambar Asha, putri kerajaan, keduanya mendapat wahyu yang mengejutkan.
Menceritakan petualangan luar biasa di dunia magis, Ni no Kuni menunjukkan hubungan khusus antara dua dunia yang terpisah namun paralel dan manifestasinya dari ikatan antara individu.
