Sihir Onmyoudou pernah menjadi teknik ampuh yang digunakan oleh Jepang selama Perang Dunia kedua agar mereka bisa unggul dan menjadikan negara mereka sebagai kekuatan yang tangguh. Tapi Jepang dengan cepat dikalahkan setelah onmyouji Yakou Tsuchimikado yang dihormati menyebabkan “Bencana Spiritual Besar”, sebuah peristiwa yang melanda Tokyo hingga hari ini. Sebagai akibat dari kecelakaan ini, Badan Onmyou didirikan untuk mengusir bencana spiritual lebih lanjut dan memerangi iblis yang akan memasuki dunia.
Kini, Onmyoudou telah menjadi jauh lebih modern, disederhanakan, dan disempurnakan untuk digunakan dalam berbagai aplikasi seperti kedokteran dan teknologi. Namun, tidak semua orang bisa memanfaatkan sihir tersebut, seperti halnya Harutora, anggota keluarga cabang Tsuchimikado. Meskipun ada janji lama untuk melindungi Natsume, pewaris keluarga utama Tsuchimikado dan dugaan reinkarnasi Yakou, sebagai familiarnya, Harutora tidak memiliki bakat dan memilih untuk menjalani kehidupan normal. Tapi ketika seorang anggota terkemuka dari Agensi Onmyou mencoba untuk menciptakan kembali eksperimen yang sama yang menyebabkan kejatuhan Jepang, dia memutuskan untuk menepati janjinya dan berjuang di sisi Natsume.
