Ribuan tahun yang lalu, naga kuno Bahamut mendatangkan malapetaka di tanah Mistarcia, sebuah dunia di mana para dewa dan iblis hidup di antara umat manusia. Bekerja sama untuk mencegah kehancuran dunia, para dewa yang saling bersaing hampir tidak berhasil menyegel Bahamut, dan setuju untuk membagi kunci di antara mereka sehingga naga tersebut akan tetap terpenjara selamanya.
Dengan dunia yang aman dari kehancuran Bahamut, maka urusannya berjalan seperti biasa bagi para pemburu bayaran seperti Favaro Leone. Menjalani gaya hidup yang santai dan mementingkan diri sendiri, Favaro yang amoral melakukan pekerjaannya sambil melarikan diri dari sesama pemburu bayaran, Kaisar Lidfard, seorang pria saleh yang bersumpah untuk membalas dendam pada Favaro. Namun, kehidupan Favaro yang riang berubah menjadi kacau ketika dia bertemu dengan Amira, seorang wanita misterius yang memegang separuh kunci perdamaian dunia yang rapuh.
Shingeki no Bahamut: Genesis bercerita tentang sekelompok pahlawan yang tidak biasa yang menemukan diri mereka terjebak di tengah-tengah pertarungan epik antara para dewa dan iblis, dipaksa untuk mengukir jalan mereka sendiri dalam menghadapi badai yang akan datang.
