Hana, seorang mahasiswa pekerja keras, jatuh cinta pada seorang pria misterius yang menghadiri salah satu kelasnya meskipun pria itu bukan mahasiswa sungguhan. Ternyata, pria itu juga bukan manusia sejati. Pada malam bulan purnama, pria itu berubah, mengungkapkan bahwa dia adalah manusia serigala terakhir yang masih hidup. Meskipun demikian, cinta Hana tetap kuat, dan keduanya akhirnya memutuskan untuk memulai sebuah keluarga.
Hana melahirkan dua anak yang sehat—Ame, lahir saat hujan, dan Yuki, lahir saat salju turun—keduanya memiliki kemampuan untuk berubah menjadi serigala, sifat yang diwarisi dari ayah mereka. Namun, terlalu cepat, kematian mendadak kekasihnya menghancurkan kehidupan Hana, membuatnya harus membesarkan keluarga yang aneh sendirian. Tekanan membesarkan anak-anaknya yang liar di kota yang padat penduduk, sambil merahasiakan identitas mereka, berujung pada keputusan untuk pindah ke pedesaan, di mana dia berharap Ame dan Yuki dapat menjalani kehidupan yang bebas dari penilaian masyarakat. Wolf Children adalah kisah mengharukan tentang tantangan menjadi ibu tunggal di dunia modern yang tak kenal ampun.
