Takashi Natsume dan rekan rohnya Madara, yang dijuluki “Nyanko,” terus mengingat nama-nama roh dari Kitab Sahabat yang diberikan oleh mendiang neneknya Reiko Natsume.
Suatu hari dalam perjalanan pulang dari sekolah, Takashi bertemu dengan roh yang mengintai bernama Monmonbou, yang teringat akan nenek Takashi setelah mendengar namanya. Rasa ingin tahu Takashi yang alami membawanya menjelajahi kota misterius tempat neneknya dulu tinggal. Berteman dengan kenalan lamanya Yorie Tsumura dan putra Yorie Mukuo, Takashi mengungkap lebih banyak tentang masa lalu neneknya.
Sementara itu, Nyanko mencari makanan dan menemukan “Benih Roh” yang mencurigakan, yang secara ajaib tumbuh menjadi pohon buah dalam semalam. Nyanko menyerah pada godaan, memakan buah itu, membelahnya menjadi tiga. Mencari solusi untuk kesulitan Nyanko, Takashi dan teman-temannya membantu, secara tak terduga mengungkap lebih banyak rahasia yang disimpan kota itu dalam prosesnya
