Berada di sekitar gadis-gadis cantik yang mengenakan pakaian yang lucu adalah keinginan Eruna Ichinomiya. Karena SMA Mikagura kebetulan memiliki seragam yang paling lucu, ia memutuskan untuk mendaftar di SMA bergengsi yang terkenal dengan klub budayanya.
Namun, dia tidak menyadari bahwa bergabung dengan klub adalah wajib, dan perwakilan dari setiap klub harus berjuang untuk mendapatkan peringkat. Berdasarkan peringkat ini, anggota klub akan mendapatkan hadiah berupa tempat tinggal dan makanan. Mengejar Seisa Mikagura, gadis tercantik di sekolah, Eruna bergabung dengan klub pulang ke rumah, tetapi mendapati dirinya terdorong untuk bertarung dalam pertarungan klub berikutnya. Dengan perwakilan klub lain yang memiliki kekuatan unik, kompetisi ini pasti akan berlangsung sengit!
Berdasarkan serial lagu populer, Mikagura Gakuen Kumikyoku mengikuti Eruna saat ia menjelajahi berbagai klub di sekolah dan membantu para anggota dengan kehidupan mereka yang bermasalah, yang semuanya juga berlomba-lomba untuk mendapatkan posisi teratas di sekolah.
