Lost Song menceritakan kisah Rin yang ceria dan Finis yang pendiam, dua penyanyi wanita yang mampu membawakan lagu-lagu ajaib. Rin dibesarkan di desa terpencil bersama keluarganya dan diajari untuk menjaga rahasia kekuatannya, sementara Finis tinggal dan tampil di istana kerajaan.
Kehidupan Rin yang bahagia dan damai hancur setelah dia menyelamatkan seorang ksatria yang terluka bernama Henry Leobort dengan lagu penyembuhannya. Dia terlihat oleh tentara yang terus menyerang desanya dengan harapan bisa menangkapnya. Karena tidak punya tempat lain untuk pergi, dia dan saudara penemunya, Al, memulai perjalanan ke ibu kota.
Finis mendapati dirinya jatuh cinta pada Henry dan, mengetahui bahwa Pangeran Lood Bernstein IV yang serakah dan pendendam menginginkannya, harus menyembunyikan hubungan mereka. Dia ingin membantu orang-orang dengan lagunya, tetapi dengan perang yang akan segera terjadi, dia khawatir Lood akan memerintahkannya untuk menggunakan sihirnya di medan perang. Hanya waktu yang akan membuktikan bagaimana takdirnya dan kehendak Rin berpotongan, saat keduanya berjuang menemukan jalan mereka.
