Pada awal abad ke-21, Institut Penelitian Kurobe Perserikatan Bangsa-Bangsa didirikan di Jepang untuk menyelidiki artefak kuno, yang ditemukan selama pembangunan Bendungan Kurobe. Para ilmuwan dari seluruh dunia berkumpul di fasilitas tersebut untuk mempelajari objek tersebut, sementara anak-anak mereka menikmati kehidupan sehari-hari di Mt. Tate International Senior High School.
Yukina Shirahane, seorang gadis SMA pendiam, adalah putri dari kepala ilmuwan fasilitas tersebut. Saat mengunjungi ibunya di fasilitas tersebut, Yukina berhasil memecahkan sebagian teka-teki artefak tersebut. Yang mengejutkannya, yang muncul di hadapannya adalah Kennosuke Tokisada Ouma, seorang samurai muda dari era Sengoku.
Saat ancaman mendekat dari luar angkasa, Yukina, bersama Kennosuke, mendapati dirinya membela Bumi melawan kekuatan penyerang. Sepanjang jalan, dia menemukan misteri di balik Kennosuke dan alasan dia bertekad untuk melindunginya.a
