Haruto Kirishima menjalani kehidupan yang tenang di pedesaan, jauh dari kehidupan kota yang serba cepat. Kemudian Yuzuki Eba muncul dalam hidupnya entah dari mana, datang dari Tokyo untuk tinggal sebentar bersama keluarganya. Waktu mereka bersama membuatnya terpikat dengan kenangan singkat sebelum dia tiba-tiba menghilang dari hidupnya, dan meninggalkannya penuh dengan pertanyaan.
Kimi no Iru Machi dimulai beberapa waktu kemudian, setelah Haruto pindah ke Tokyo untuk tinggal bersama saudara perempuannya, untuk mengejar karir sebagai juru masak. Kenyataannya dia ingin bersama Yuzuki. Namun segalanya tidak dimulai dengan baik. Ketika dia tiba, dia disangka pencuri dan diserang oleh tetangga saudara perempuannya, Mishima Asuka. Setelah kesalahpahaman terselesaikan, perasaannya mulai goyah. Apakah Eba, yang terus menghindarinya tanpa alasan, adalah orang yang tepat untuknya atau Asuka?
