Seiken Tsukai no World Break berlatar di Akane Private Academy, tempat para siswa yang memiliki ingatan tentang kehidupan mereka sebelumnya dilatih untuk menggunakan Seni Leluhur sehingga mereka dapat menjadi pembela terhadap monster, yang disebut Metafisika, yang menyerang secara acak. Dikenal sebagai penyelamat, para siswa dibagi menjadi dua kategori: kurogane yang dapat menggunakan prana mereka untuk memanggil senjata ofensif dan kuroma yang dapat menggunakan sihir.
Cerita dimulai enam bulan sebelum klimaks utama dari seri ini selama upacara pembukaan pada hari pertama tahun ajaran. Setelah upacara selesai, karakter utama, Moroha Haimura, bertemu dengan seorang gadis bernama Satsuki Ranjou yang mengungkapkan bahwa dia adalah adik perempuan Moroha di kehidupan sebelumnya, di mana Moroha adalah seorang pangeran heroik yang mampu membunuh seluruh pasukan dengan keterampilan pedangnya. Tak lama kemudian, ia bertemu dengan gadis lain, Shizuno Urushibara, yang akhirnya mengungkapkan bahwa ia juga mengenal Moroha di kehidupan lampau yang sama sekali berbeda, di mana ia adalah penguasa kegelapan yang mampu menggunakan sihir penghancur, tetapi menyelamatkannya dari kehidupan perbudakan. Dapatkah mereka yang pikirannya hidup di masa kini dan masa lalu benar-benar mencapai masa depan yang cerah? Selami dunia kompleks Seiken Tsukai no World Break untuk mencari tahu!
