Setelah mengatasi berbagai peristiwa yang penuh gejolak, sersan tentara bayaran Sousuke Sagara dari Mithril dan siswi sekolah ” Whispered ” Kaname Chidori kembali ke kehidupan sekolah mereka yang normal. Sousuke melanjutkan upayanya untuk berbaur dengan penduduk sipil dan mengelola misinya pada saat yang sama, sementara Kaname berusaha untuk mendukung usahanya (meskipun kejenakaannya sering membuatnya kesal).
Namun, ketika kehidupan mereka mulai tenang, masalah baru mulai muncul. Kemunculan organisasi teroris independen yang dikenal sebagai Amalgam dan konflik internal di dalam Mithril mengancam untuk menghancurkan persatuan menjadi serangkaian kegagalan dan pengkhianatan. Dan model Arm Slave baru yang kuat hanya memperburuk situasi ketika perdamaian dunia dipertaruhkan.
Saat Kaname dan Sousuke menghadapi pertempuran batin mereka sendiri di tengah-tengah pertarungan yang mengancam nyawa, akankah mereka dapat membuat pilihan yang tepat dan mengubah masa depan mereka?