Kekaisaran Alzano adalah rumah bagi salah satu sekolah sulap paling terkemuka di dunia: Akademi Sulap Kekaisaran Alzano. Di sini, para siswa muda yang ambisius menjalani pelatihan untuk menjadi pesulap yang kompeten. Sistine Fibel-seorang gadis bangsawan yang tegas-dan sahabatnya yang bermata cemerlang, Rumia Tingel, masuk ke akademi ini, bertekad untuk mengembangkan kemampuan sihir mereka.
Namun, dunia mereka terguncang ketika guru favorit mereka tiba-tiba pensiun dan Glenn Radars yang penuh teka-teki menggantikannya. Sikapnya yang malas dan acuh tak acuh terhadap kehidupan dan sihir dengan cepat membuatnya berselisih dengan teman-temannya. Terlebih lagi, kekuatan jahat yang tersembunyi di dalam tembok kekaisaran mulai aktif, dan Sistine, Rumia, dan Glenn mendapati diri mereka terjebak dalam skema mereka.
Rokudenashi Majutsu Koushi to Akashic Records mengisahkan Sistine yang terpikat oleh Kastil Langit yang mengambang secara misterius. Rumia yang dihantui masa lalu yang penuh masalah dan Glenn yang mungkin lebih dari yang terlihat. Meskipun terlihat sangat berbeda di permukaan, mereka secara tak terduga terikat oleh benang takdir.